見えなくなったわけ

こういうミスをやってしまいました。

javascriptを外部から読み込むために、XHTML風にこういう記述をやっていました。、
<script type="text/javascript" src="hogehoge"/>
この書き方だと、Internet Explorlerは完結した要素とみなせず、タグから下をすべてjavascriptとみなすことがあるようです。

対策としては、
<script type="text/javascript" src="hogehoge"></script>
という古典的な書き方にすれば問題ないはずです。